Verzeichnisse mit angehängtem .d werden immer häufiger benutzt. Jedes Verzeichnis steht für eine Konfigurationsdatei, die auf mehrere Dateien aufgeteilt ist. In diesem Sinne sind alle Dateien in /etc/apt/apt.conf.d Anweisungen für die Konfiguration von APT. APT bezieht sie in alphabetischer Reihenfolge ein, so dass Anweisungen aus den weiter hinten stehenden Dateien bereits zuvor definierte Konfigurationselemente verändern können.

Diese Struktur gibt dem Administrator der Maschine und den Paket-Betreuern einiges an Flexibilität. Tatsächlich kann der Administrator die Konfiguration der Software verändern, indem er dem fraglichen Verzeichnis eine ein gebrauchsfertige Datei hinzufügt, ohne eine bestehende Datei verändern zu müssen. Paket-Betreuer nutzen denselben Ansatz, wenn sie die Konfiguration einer anderen Software anpassen müssen, um sicher zu stellen, dass beide Konfigurationen friedlich koexistieren können. Die Debian-Richtlinien (policy) verbieten jedoch ausdrücklich das Verändern von Konfigurationsdateien anderer Pakete, nur den Anwendern wird dieses gestattet. Erinnern Sie sich, dass während einer Paketaktualisierung der Benutzer eine Auswahlmöglichkeit erhält, welche Version der Konfigurationsdatei benutzt werden soll, falls eine lokale Veränderung erkannt wird. Jede fremde Änderung würde eine solche Abfrage auslösen, zur Verwirrung des Administrators, der sich sicher ist, nichts verändert zu haben.

Ohne ein .d-Verzeichnis ist es einem fremden Paket unmöglich, die Einstellungen eines Programms zu verändern, ohne dessen Konfigurationsdatei zu verändern. Stattdessen muss es den Benutzer in der Datei /usr/share/doc/paket/README.Debian auffordern, dies selbst zu tun und die dazu nötigen Schritte auflisten.

Abhängig von der Anwendung wird das .d-Verzeichnis direkt benutzt oder von einem externen Skript verwaltet, welches alle Dateien zu der eigentlichen Konfigurationsdatei zusammenfügt. Wichtig ist, dieses Skript nach jeder Änderung in dem Verzeichnis auszuführen, so dass die jüngsten Änderungen angewendet werden. Ebenso wichtig ist es, die automatisch erzeugte Konfigurationsdatei nicht direkt zu bearbeiten, weil alle manuellen Änderungen bei der nächsten Ausführung des Skripts verloren gehen. Die Wahl der Methode (das .d-Verzeichnis direkt zu nutzen oder eine aus dem Verzeichnis generierte Datei) erfolgt üblicherweise abhängig von den Rahmenbedingungen bei der Entwicklung, in beiden Fällen aber macht der Gewinn an Konfigurationsflexibilität die kleinen Komplikationen, die sie mit sich bringen, mehr als wett. Der Mailserver Exim4 ist ein Beispiel für die Methode der generierten Datei: Er kann durch mehrere Dateien (/etc/exim4/conf.d/*) konfiguriert werden, die vom Befehl update-exim4.conf zu /var/lib/exim4/config.autogenerated verknüpft werden.